Anladığım kadarıyla Arduino kullanmadan sadece μ denetleyici ile bir devre kurmak istiyorsunuz.
Bunun için programlayıcı olarak Arduino kullanabilirsiniz.
Dikkat ederseniz Arduino programlayıcı olarak kullanıldığında üzerindeki μ denetleyici sökülüyor.
Eğer yeni bir ATmega328 (veya ATmega168) μ denetleyici kullanıyorsanız üzerine çekirdek yazılımını atmanız gerekir.
Bunun nasıl yapılacağı da bu sayfada anlatılıyor.
https://www.arduino.cc/en/Tutorial/ArduinoToBreadboard
Diyelim ki çekirdek yazılımını attınız ya da Arduino'nun kendi çekirdek yazılımı olan μ denetleyicisini şekildeki gibi kurdunuz.
Araçlar->Kart menüsünden 'Arduino Duemilanove veya Nano w/ ATmega328' seçerek normal yolla program yükleyebilirsiniz.
Aslında Arduino kullanmadan, devre üzerinde seri programlama 'ICSP' özelliği olan bir programlayıcı ile de μ denetleyici programlanabilir.
Örneğin bende PicKit2 var. PicKit2 ile program atabiliyorum. Hatta bir ara Arduino'nun kendi çekirdek yazılımı da uçmuştu. PicKit2 ile çekirdek yazılımını yükleyebildim.